音乐学系是学院音乐理论教学单位，研究基础发轫于1939年在延安鲁迅艺术学院成立的“民歌研究会”，历经“中国民间音乐研究会”、“音乐研究室”、“民族民间音乐教研室”、“民族民间音乐研究室”、“音乐研究所”等若干阶段。1999年10月，正式成立。

      音乐学系现有音乐学理论和艺术史论两个专业方向，设有民族音乐理论、中国音乐史、西方音乐史和艺术史论四个教研室。拥有一支学历层次高、教学与科研能力强的优质师资队伍，系副教授以上高级职称者占教师总数71%，拥有博士学位的教师占65%，有海外留学经历的教师占29%。教师获“享受国务院政府特殊津贴专家”、“辽宁省普通高等学校本科教学名师”、辽宁省“兴辽英才计划”教学名师、辽宁省文化名家暨“四个一批”人才、“辽宁省特聘教授”、“辽宁省高校优秀青年骨干教师”、“辽宁省高校创新人才支持计划”、“辽宁省高校杰出青年学者成长计划”等多种荣誉。课程设置上，开设专业主干课、专业基础课及选修课等34门。出版多种理论专著，在核心期刊发表多篇以东北区域音乐文化研究为主的学术论文。教师屡获学术奖项，如“辽宁省哲学社会科学成果奖”、“辽宁文艺评论奖”、“华乐杯优秀音乐论文奖”等学术奖项，在学院的理论建设和科研工作中发挥了领军作用。在几代学人历时半个多世纪的实践与探索中，音乐学系积累了丰厚的教学经验与科研成果，培养了许多优秀的音乐理论人才，为国家和地方音乐文化建设和教育事业做出了积极的贡献。多年来，音乐学专业教师先后出版了多种理论专著，如《秦腔音乐》（安波1950）、《东蒙民歌选》（安波、许直1952）、《单鼓音乐》（东北音专民间音乐组1957）、《东北大秧歌》（杨久盛1981）、《东北二人转音乐》（冯娴1985）、《东北现代音乐史》（凌瑞兰1998）、《民歌新论》（冯志莲2003）、《二人转音乐概论》（李玉珍2005）、《霍树棠与奉派东北大鼓》（李玉珍、冯志莲、商树利等2008）、《汉族民歌简明教程》（冯志莲2017）、《东北大鼓艺术流变》（冯志莲2018）、《文本·角色·寓意——威尔第歌剧<奥赛罗>解读》（董蓉2018）、《满汉融合背景下的岫岩太平鼓[烧香]仪式音乐研究》（冯志莲2019）等；先后发表了一大批以东北区域音乐文化研究为主的学术论文，如《中国民间音乐研究提纲》（吕骥1948）、《我对文艺与劳动生产相结合的意见》（向隅1958）、《东北民歌中的劳动歌曲和小调》（杜素琴1983）、《东北抗联歌曲述要》（凌瑞兰1986）、《试论满族音乐的三大文化圈》（凌瑞兰1996）、《〈江河水〉一曲的由来与发展》（杨久盛2002）、《祭祀礼仪中的“人生价值观”》（李玉珍2003）、《岫岩祭祖仪式用乐特征及其渊源》（冯志莲2017）等。近十年来，音乐学系先后有“西方音乐史与赏析”、“中国民族民间音乐”两门课程被辽宁省教育厅评定为省级精品课程，一部教材《民歌新论》被评定为省级精品教材。教师获得“享受国务院政府特殊津贴专家”、“辽宁省教学名师”、“辽宁省特聘教授”、“辽宁省高校优秀青年骨干教师”、“辽宁省高校杰出青年学者成长计划”、“辽宁省第六批‘百千万人才工程’之千层次人才”等多种荣誉和奖励。拥有省级精品课程2门、省级一流本科课程9门，省级精品教材1部、于2014年、2018年被评为“辽宁省本科重点建设专业·综合改革试点专业”、“辽宁省普通高等学校首批一流本科教育示范专业”，2020年获批“国家级一流本科专业建设点”。

     音乐学系重视国内外学术交流并强化艺术实践活动。多年来，音乐学系举办和承办了许多大型学术会议，如“全国民族音乐学第三次年会”（1984年）、“对我国音乐民族化的回顾与思考研讨会”（1990年）、“东北大鼓演唱会暨学术研讨会”（2006年）、“第四届西方音乐史年会”（2013年）、“美在白山黑水间——东北地区‘非遗’展演暨学术论坛”（2014年）、第四届“中国传统音乐教学与学科建设研讨会”（2015年）、“中国传统音乐学会第二十届年会”（2018年）等。教师经常参加国内外学术活动，或应邀到中央音乐学院、中国音乐学院、南京艺术学院、台湾台南艺术大学等兄弟院校讲学，产生了良好的社会影响。开展“非遗进校园”、田野采风与社会调查等实践活动，分别在瓦房店、岫岩、六一学校、沈阳市沈阳博物馆、沈阳保利大剧院管理有限公司成立“沈阳音乐学院教学实践基地”、“沈阳音乐学院大学生艺术实践基地”，在服务地方、传承优秀传统音乐文化方面做出了有益探索和积极贡献。